“花苁蓉”见于《嘉祐本草》肉苁蓉项下引《日华子》云“又有花苁蓉，即是春抽苗者，力较微耳”。指出“花苁蓉”就是肉苁蓉春天抽薹开花后的药材，功效比较差。说明古人早就认识到肉苁蓉作为药材，不能开花后采收，这与现代肉苁蓉的采收和药效学研究的结果完全一致。《本草原始》在草苁蓉项下谓“日华子名花苁蓉，俗呼紫花地丁”。此处所说的“花苁蓉”与《日华子》所云“花苁蓉”恐怕并非一物。

《嘉祐本草》转载《蜀本》引唐《图经》云：“三月、四月掘根，切取中央好者三四寸，绳穿阴干。八月始好……又有花苁蓉，即是春抽苗者，力较微耳”。指出肉苁蓉采挖后，取中央好者三、四寸入药，绳穿阴干，至八月始好。并提出肉苁蓉抽薹开花后功效很微。

肉苁蓉一年采收2次，一般在春末夏初（根据各地气候而定）肉苁蓉未出土或刚刚出土时采收，称为“春苁蓉”或“春大芸”；或在秋天冻土之前采收，称为“秋苁蓉”或“秋大芸”。在2010年前，肉苁蓉主要依靠野生资源，野生肉苁蓉春天会“拱土”或露土，容易看见；秋天长在沙土下面，除少数会“拱土”出现裂隙或土包外，很难发现，因此，野生肉苁蓉主要在春天采收。肉苁蓉春天采收在农历二至三月，这时肉苁蓉将露土或刚露土而未开花，并指出开花后药效微弱，不可药用；秋天采收在农历八月，此时部分肉苁蓉已将沙土顶起，可见鼓包或裂隙，九月以后大漠地区已结冰，无法采挖了。与现今肉苁蓉的采收时间基本一致。

本草记载的肉苁蓉的采收时间尽管有一定的差别，但基本上以春季采收为主，这也是因为野生肉苁蓉在其他季节较难发现。《吴普本草》记载“二至八月采”，与寄生植物生长于地下，冻土期间不能采挖相一致。

2010年以后，随着肉苁蓉的大面积人工种植，由于秋天采收的肉苁蓉的质量明显优于春天，因此，目前“秋苁蓉”的产量高于“春苁蓉”。