肉苁蓉性甘、味温，可作为百搭型食品配料，应用到各类食品形态，如肉苁蓉酒、苁蓉膏、苁蓉饮料、苁蓉酸奶、口服液、袋泡茶、肉苁蓉颗粒茶、糖果、肉苁蓉粉、咖啡等等。

目前注册的肉苁蓉保健食品有55款，多集中在口服液、片剂、酒、胶囊、茶饮这几个产品剂型，主打保健作用集中在增强免疫力、缓解体力疲劳、肝脏保护这三个方向。

试点期间市场上有肉苁蓉和奶粉复配的老年奶粉、固体饮料等产品。但这类产品目前只在试点区域销售，销量也比较小，还是因为法规没有完全放开的问题。首先，因为人工种植起步比较晚，近5-6年才开始热起来，当地野外采收的肉苁蓉还是占一定比例。目前全国肉苁蓉的产量仍很低；其次，基于沙漠环境和生态保护，以及沙漠缺水的现实，其人工种植密度比较低，1亩仅能收获20多株，好的一点的也只有30-40株；最后，也是最主要的原因，试点只是小范围生产销售，没有完全放开食品应用。

肉苁蓉里有很多功效成分，研究发现其主要成分松果菊苷、毛蕊花糖苷、环烯醚萜类和寡糖，还有多种维生素、氨基酸、微量元素、生物碱、矿物质、肉苁蓉多糖、木脂素等。

判断肉苁蓉质量的好坏，除了看不同的加工工艺导致的不同外观、卖相（长短、粗细等），还会设计不同的炮制工艺，另外检测醇溶性浸出物高低，更重要的依据是特征成分的含量，如松果菊苷（Ｃ₃₅H₄₆O₂₀）、毛蕊花糖苷（Ｃ₂₉H₃₆O₁₅）、异毛蕊花糖苷、2'-乙酰基毛蕊花糖苷、肉苁蓉苷A、肉苁蓉多糖等。

成都西域苁蓉生物科技有限公司，专业从事肉苁蓉产业化开发，是集良种培育，种植推广，原料收储、加工、提取和系列普通食品，肉苁蓉酒，饮片，研发、生产、销售于一体的肉苁蓉综合现代化高科技开发企业，产品质量达到美国、欧盟等国际标准，连续多年出口日本、韩国、美国、欧盟、东南亚、俄罗斯、印度及中国台湾等市场。西域苁蓉在甘肃昌马、武威、白银、民勤，新疆吐鲁番、且末、喀什、和田构建了完整人工种植基地，是肉苁蓉综合现代化高科技开发企业。